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데이터는 일단 누락(Stata라면 ., R이라면 NA)으로 인코딩해 두면 됩니다.
// Stata
replace variableName = . if variableName == -1
// 위에서 variableName은 사용하는 변수명으로 바꿀 것
진짜 문제는 분석을 어떻게 하느냐 하는 것인데, 무응답 성향을 분석하거나, 무응답으로 인한 편향을 교정하고자 한다면 이 점을 고려해서 분석해야 할 것이고(긴 이야기이므로 간단히 말하기는 어렵습니다), 이런 것에 관심이 없다면 그냥 Stata로 회귀를 할 것인데 그러면 Stata가 알아서 결측치가 있는 관측치를 제거해 줍니다.
xtreg y x1 x2, fe vce(r)
// Stata가 결측치는 알아서 제거해 준다